מעצם היותו הליך כירורגי, גם ניתוח אף טומן בחובו סיבוכים ניתוחיים. אמנם סיבוכים ניתוחיים מניתוח אף נמצאים בשיעור נמוך, אך עדיין חשוב לתת עליהם את הדעת ולדרוש הסבר מפורט מהרופא בפגישת הייעוץ טרם הניתוח.
סיבוכים ניתוחיים אפשריים: דימום, זיהום, הפרעת תחושה זמנית, בצקת רקמות חיצונית ופנימית הגורמת להפרעה זמנית במעבר האוויר המתבטאת בהפרעה נשימתית, פגיעה ברקמות סמוכות לאף כגון שרירים, צינור הדמעות, עור, חוסר סימטריה, בלט סחוסים, אי שביעות רצון ועוד.